Rekstur endurskoðendaráðs er fjármagnaður með eftirlitsgjaldi sem innheimt er af öllum endurskoðendum á grundvelli 39. gr. laga nr. 94/2019. Fjárhæð gjaldsins er 100.000 kr. og er gjalddagi gjaldsins 1. apríl ár hvert. Ef ekki er greitt innan 30 daga frá gjalddaga skal greiða dráttarvexti samkvæmt lögum  um vexti og verðtryggingu. Endurskoðendaráð getur lagt stjórnvaldssektir á þann sem ekki greiðir eftirlitsgjald.

Endurskoðendaráði er heimilt að innheimta þjónustugjöld fyrir gæðaeftirlit með endurskoðendum. Gjaldið skal ekki vera hærra en raunkostnaður við að standa straum af kostnaðarþáttum við eftirlit. Ef gjald er greitt eftir eindaga reiknast dráttarvextir frá gjalddaga. Endurskoðendaráð getur lagt stjórnvaldssektir á þann sem ekki greiðir þjónustugjald vegna gæðaeftirlits.